Ky muze është ngritur në ambientet e ish strehimit anti-atomik të Ministrisë së Brendshme. Tuneli i Ministrisë së Brendshme është ndërtuar mes viteve 1981 dhe 1986 dhe mund të konsiderohet si një nga “veprat e mëdha” të fundit të kryera nga regjimi komunist. Në fillim të viteve ’70 filloi në të gjithë vendin ndërtimi i 175.000 bunkerëve të madhësive të ndryshme. Bunkerët ishin të tre llojeve ndërtimi: faqe mali, ndërtesa dhe gropa. Bunkeri i Ministrisë së Brendshme është i llojit “gropë”. Ky bunker në kodin e atëhershëm  i quajtur “Objekti Shtylla” përbëhet nga 24 dhoma, nga një apartament i rezervuar për Ministrin e Brendshëm dhe nga një sallë e madhe dedikuar ndërlidhjes. Ashtu si shumë bunkerë të tjerë të kësaj madhësie edhe ky është ndërtuar për të përballuar një sulm kimik e bërthamor të mundshëm. Hyrja dhe dalja e bunkerit janë krijuar vetëm në kohet e fundit, pasi në projektin  fillestar  mund të hyhej në tunel vetëm nga brenda Ministrisë.